Педиатрический университет осуществляет полный комплекс фундаментальных и научно-прикладных, педагогических исследований здоровья, психологической устойчивости, решения демографических, социальных и экономических проблем, биологической и экологической обстановки.

Научно-исследовательская деятельность Университета в настоящее время осуществляется через:

выполнение научно-исследовательских работ;
аспирантуру, докторантуру и соискательство;
патентно-лицензионную деятельность;
работу с федеральными и отраслевыми информационными фондами и базами данных;
научно-исследовательскую работу студентов и молодых ученых;
проведение конференций.

Научно-исследовательская деятельность Университета проводится по трем направлениям в рамках приоритетных задач, стоящих перед медицинской наукой и здравоохранением России:

Перинатальные проблемы болезней у детей, подростков и взрослых.
Влияние анатомо-функциональных, психосоматических и медико-социальных факторов на здоровье матери и ребенка.
Педиатрические аспекты предиктивно-превентивной и персонализированной медицины.

По данным на сентябрь 2021 г. суммарное число публикаций сотрудников Университета в РИНЦ составило 44687 статьи с общим количеством цитирований 298022. За последние 5 лет (2016 – 2020) сделано 18192 публикаций, из них 1178 статей в зарубежных журналах и 8821 статей в российских, а число статей в журналах, входящих в Web of Science и Scopus составило 3028. Общее количество публикаций в российских и иностранных журналах, постоянно растет (2004–2008 гг. — 1145; 2009–2013 гг. — 2085, 2014–2017 гг. — 10811, 2015–2019 гг. – 15185, 2016–2020 гг. – 18192).

Научные статьи — https://www.elibrary.ru/org_profile.asp?id=5313

Актуальным является дальнейшее улучшение наукометрических показателей как критериев результативности деятельности вуза. По индексу Хирша Педиатрический университет занимает 1-е место среди всех высших учебных заведений РФ по медицинскому направлению, 3-е место среди всех высших учебных заведений РФ, 8-е место среди всех организаций РФ.

Наименование показателя	Период
Наименование показателя	2016 г.	2017 г.	2018 г.	2019 г.	2020 г.
индекс Хирша по публикациям в РИНЦ	94	113	144	180	209
количество полученных патентов	7	12	17	11	18

Затраты на научные исследования и разработки в отчетном периоде:

Источники финансирования	2015 год	2016 год	2017 год	2018 год	2019 год	2020 год
Бюджетные средства	15 963 400	92 629 200	7 257 677	13 415 523	7 048 520	268 126 168
Внебюджетные средства	72 629 190	48 044 435	53 642 888	54 878 221	44 417 154	48 742 221
ИТОГО	88 592 590	140 673 630	60 900 575	68 293 744	51 790 741	316 543 322

Показатель	2015 г.	2016 г.	2017 г.	2018 г.	2019 г.	2020 г.
Объем средств от грантов и конкурсов	12 100 000.00	10 370 000.00	9 260 000,00	16 250 000.00	20 840 000.00	22 810 000.00
Объем средств от клинических исследований	5 187 751.93	8 335 310.29	13 526 256,00	8 973 290.43	6 239 959.00	6 079 871,30
Объем средств от клинической апробации (Государственное задание)	–	21 433 341.22	22 913 924,83	59 869 457.30	135 949 319.84	123 903 283,60
Средства, полученные по государственному заданию по разделу «наука»	6 714 400.00	6 629 200.00	7 257 677,00	5 915 100.00	7 049 000.00	7 049 000.00
Бюджетные, целевые средства (НМИЦ, телемедицина, оборудование)						262 765 340.69

По критериям результативности каждый год министерство проводит мониторинг различных показателей, в число которых научная деятельность входит отдельной строкой. Эффективность научной работы оценивается по количеству статей в изданиях, входящих в перечень ВАК, и зарубежных публикаций, числу патентов и грантов. По результатам ежегодного мониторинга министерства здравоохранения показатели Педиатрического университета наиболее высокие в городе, и из года в год по критериям научной деятельности мы улучшаем свои позиции.

Многие научные исследования, проводимые специалистами Университета, поддержаны грантами, как Российскими, так и Международными, и их число постоянно растет.

Гранты за 2015-2018 гг.

Учебный год	Кол-во грантов, в том числе студентов, аспирантов и молодых ученых	Сумма	В том числе студенты, аспиранты и молодые ученые
2015/2016	31/7	13 млн. 600 тыс. рублей	540 тыс. рублей
2016/2017	29/6	14 млн. 770 тыс. рублей	240 тыс. рублей
2017/2018	27/18 (в том числе стажировки за рубежом и стипендии)	17 млн. 676 тыс. рублей	1 млн. 76 тыс. рублей

Учебный год	Кол-во грантов, в том числе студентов, аспирантов и молодых ученых	Сумма	В том числе студенты, аспиранты и молодые ученые
2015/2016	31/7	13 млн. 600 тыс. рублей	540 тыс. рублей
2016/2017	29/6	14 млн. 770 тыс. рублей	240 тыс. рублей
2017/2018	27/18 (в том числе стажировки за рубежом и стипендии)	17 млн. 676 тыс. рублей	1 млн. 76 тыс. рублей

С 2014 г. появилась возможность доступа к информационным базам данных ClinicalKey и Scopus.

Для поддержания высокого уровня научной работы на всех кафедрах и подразделениях Университета Научный отдел опирается на Проблемные комиссии, детально прорабатывающие все предлагаемые темы научно-исследовательских работ (НИР); на Научно-координационный совет, утверждающий рассмотренные на проблемных комиссиях НИР; на работу собственных подразделений: отдел аспирантуры и докторантуры (М.Ю. Дайнеко, С.Г.Мележик), оформление регистрационных карт и работа с РИНЦ (И.Л. Третенко), кабинет по охране интеллектуальной собственности (патентовед Н.Е. Ляпунова). При этом ежегодно ректоратом Университета проводится оценка научной активности кафедр и подразделений СПбГПМУ.

Большое значение придается работе студентов в научных кружках, организованных почти при всех кафедрах. Эта работа — одна из важнейших форм учебного процесса, призванная создать основу для дальнейшего развития науки, взращивания научных кадров. В кружках СНО студенты приобщаются к специфике научной работы, ведению эксперимента, а на клинических кафедрах еще и к более тесному контакту с больными, овладению клиническим мышлением. Научная тематика студенческих работ является частью исследований, проводимых коллективами кафедр. Совет СНО (научный руководитель — д.м.н. Г.О. Багатурия) ежегодно организует научные конференции, рекомендует лучшие работы для представления на межвузовские конференции. Многие студенты участвуют во всероссийских и международных конкурсах студенческих работ. Из студентов, активно работающих в СНО, формируются затем кадры будущих аспирантов и клинических ординаторов, многие преподаватели начали свой путь в науку со студенческого кружка.

Научно-исследовательский центр (НИЦ) является структурным подразделением научно-исследовательского отдела Университета. Произведена реорганизация работы НИЦ, как базы для проведения фундаментальных и прикладных исследований по направлениям «Нейрокогнитивные технологии» и «Биоинженерные органы».

В 2017–2018 г. Университетом проведены 16 международных конференций и съездов, 26 всероcсийских, 15 региональных и 19 городских научно-практических конференций и семинаров. Предлагаются новые формы проведения школ-семинаров для молодых ученых и специалистов.

С 2010 г. в Университете издается журнал «Педиатр». На страницах журнала объединена фундаментальная наука и практика, представлены последние перспективные исследования во всех направлениях медицины, прежде всего педиатрии, перинаталогии, неонаталогии, акушерства и гинекологии и пр., отражено инновационное движение отечественной медицинской науки и зарубежных достижений в медицине и биологии. Помимо русскоязычного сайта журнала «Педиатр» в конце 2013 г. появилась и англоязычная версия сайта, позволяющая пользоваться ею как читателям, так и потенциальным авторам публикаций, не владеющим русским языком. Журнал реферируется РЖ ВИНИТИ, внесен в список журналов ВАК, представлен в e-LIBRARY, планируется регистрация в международных базах данных (Scopus, Web of Science).

Основными партнерами СПбГПМУ по научному сотрудничеству являются: Институт биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН, Институт эволюционной физиологии и биохимии им. И.М. Сеченова РАН, Институт высокомолекулярных соединений РАН, Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербургский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера.